La primitiva ermita, cuya fecha de construcción se desconoce, era de amplias dimensiones, pues a la misma pertenecía la pared donde está en la actualidad la imagen y se prolongaba hasta más afuera de la torre nueva. Es muy posible que la sacristía actual sea la citada primitiva ermita.
El actual santuario se empezó a construir siendo mayordomo de la ermita (que lo fue desde 1570 a 1587) Martín Sanz de Zuloaga, bendiciéndose la nueva basílica el día 3 de Mayo de 1581, aunque se continuaron las obras con posterioridad.
La nave, ancha en relación con su altura, está cubierta con bóveda de cañón, separada en tramos por arcos fajones y en los lunetos que se abren se sitúan las ventanas. El crucero se resuelve con bóveda decorada simulando una cúpula sobre pechinas.
De la cúpula cuelga un gran crucifijo, llamado el Cristo de la Victoria. Tiene el simbolismo litúrgico de ser Cristo quien preside todo el recinto sagrado, pues está situado a mayor altura que la imagen de la Virgen.
Uno de los elementos más significativos del santuario, que la hace ser vista desde toda la bahía de Txingudi, es la airosa torre rematada por un pináculo, construida en 1868, por aportaciones tanto físicas como económicas de los devotos.
Un atrio recorre el lateral derecho y la parte posterior y está apoyado en trece columnas de piedra arenisca de cantería.
En la parte posterior está el coro sobre un arco rebajado.
Bajo el coro, se abre una gran puerta, utilizada para ampliación de la nave en días de gran aglomeración, para poder seguir las ceremonias religiosas desde la explanada exterior.
