El altar de San Sebastián se encuentra situado, mirando de frente al Altar Mayor, en el lado izquierdo.
Se compone de dos cuerpos.
En el primero en el centro estaba la imagen de San Sebastián, en el derecho la de San Martín, Obispo, y en el izquierdo la de San Roque. Estas tres imágenes no se trajeron desde la Parroquia.
En el segundo cuerpo, en el centro las efigies de la Sagrada Familia, Jesús, José y María y una paloma. Como remate el Padre Eterno.
Los dos altares laterales actuales, proceden de la Parroquia, subidos a Guadalupe, el año 1914, con motivo de las obras de restauración de la referida Parroquia. El altar de San Sebastián que estaba instalado en el segundo pilar derecho de la iglesia matríz, fue costeado por Martín Sáenz de Zuloaga, en el año 1507; restaurado por el capitán Don Pedro Zuloaga en el año 1648, mandando dorar en 1742, el Teniente General del Ejército de su Majestad Don Gabriel Josehp de Zuloaga, nieto del anterior; a su vez en 1896, restauró y doró a expensas de Doña Sofía Pérez Tafalla y Zuloaga de Manso. 
